鞍子河自然保护区是以保护大熊猫等珍稀野生动物及其栖息地为主的森林和野生动物类型自然保护区。鞍子河北、西北与四川省汶川县和国家林业局卧龙自然保护区接壤，南与四川省大邑县和四川黑水河自然保护区接壤，位于北纬30度的川西高山峡谷地区，是中国生物物种的起源中心之一，是中国古老原始的物种聚集地之一，是中国南北物种的交汇地带，是具有国际意义的生物多样性地区之一。
根据野外调查、红外触发相机监测、历史文献记录和访谈确认，鞍子河迄今记录了哺乳动物79种，分布最多的种是啮齿目，有25种，其次是食肉目，有20种。其中，国家Ⅰ级保护兽类7种：金丝猴、豹、云豹、羚牛和林麝；国家Ⅱ级保护兽类14种：黑熊、小熊猫、黄喉貂、豺、金猫、大灵猫、小灵猫、藏酋猴、猕猴、水鹿、鬣羚、斑羚、岩羊和小爪水獭。四川省重点保护野生动物4种：豹猫、毛冠鹿、赤狐和香鼬。